Considerado de importancia internacional por servir de albergue a cantidad de especies migratorias, en vías de extinción y de importancia comercial. Entre su gran variedad de especies de flora y fauna están incluidas muchas especies que únicamente se encuentra en esta zona, además de aves y peces para el consumo humano.

Experiencia educativa sin igual, ejemplo de eco- turismo y preservación, así como de investigación. Primer Refugio con un manejo adecuado y sostenible de sus recursos, en busca de educar a sus visitantes sobre la importancia de los humedales. Parte del territorio declarado por la Unesco como Reserva de la Biosfera Agua y Paz.

Vegetación herbácea en los bordes de la laguna y a lo largo de los caños con especies como el pasto gamalote y la dormilona, árboles pequeños como la gauba (abundante), el jelinjoche, el poró y el sotocaballo. Vegetación de pantano como los juncos.

Cuenta con áreas con vegetación homogénea llamadas marillales con árboles como el maría, el sangregao y la palma real. Están también los yolillales (árbol dominante: plama yolillo) acompañados por el palmiche y el coquillo.

Entre las diversas especies de aves podemos encontrar al clarinero nicaragüense, especie endémica de Nicaragua cuya única población costarricense se encuentra aquí en el refugio, el gallito de agua, el cormorán neotropical (colonia de mayor tamaño del país) y al garzón azulado, así como el pato aguja, la espátula rosada, el ibis blanco, el cigüeñón y el piche; el galán sin ventura y el jabirú (ambas en peligro de extinción).

En los ríos se pueden ver caimanes, iguanas, tortugas de río y terrestres también al basilisco de esmeraldas; unas 30 especies de peces de agua dulce, incluido el Gaspar o pez aguja, fósil viviente.